| 3.2 | Class: Paired domain factors (PD), Alignment |
| Aligned PD sequences: | |
TYGEVNQLGGVFVNGRPLPNAIRLRIVELAQLGIRPCDISRQLRVSHGCVSKILARYNETGSILPGAIGGSKPR-VTTPNVVKHIRDYKQGDPGIFAWEIRDRLLADGVCDKYNVP--SVSSISRILRNK PAX1 GHGGVNQLGGVFVNGRPLPDVVRQRIVELAHQGVRPCDISRQLRVSHGCVSKILGRYYETGSIKPGVIGGSKPK-VATPKVVDKIAEYKRQNPTMFAWEIRDRLLAEGICDNDTVP--SVSSINRIIRTK PAX2 GQGRVNQLGGVFINGRPLPNHIRHKIVEMAHHGIRPCVISRQLRVSHGCVSKILCRYQETGSIRPGAIGGSKPKQVTTPDVEKKIEEYKRENPGMFSWEIRDKLLKDAVCDRNTVP--SVSSISRILRSK PAX3 GISSMNQLGGLFVNGRPLPLDTRQQIVRLAVSGMRPCDISRILKVSNGCVSKILGRYYRTGVLEPKGIGGSKPR-LATPPVVARIAQLKGECPALFAWEIQRQLCAEGLCTQDKTP--SVSSINRVLRAL PAX4 GHGGVNQLGGVFVNGRPLPDVVRQRIVELAHQGVRPCDISRQLRVSHGCVSKILGRYYETGSIKPGVIGGSKPK-VATPKVVEKIAEYKRQNPTMFAWEIRDRLLAERVCDNDTVP--SVSSINRIIRTK PAX5 SHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQVSNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPR-VATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLSEGVCTNDNIP--SVSSINRVLRNL PAX6 GQGRVNQLGGVFINGRPLPNHIRHKIVEMAHHGIRPCVISRQLRVSHGCVSKILCRYQETGSIRPGAIGGSKPRQVATPDVEKKIEEYKRENPGMFSWEIRDRLLKDGHCDRSTVPSGLVSSISRVLRIK PAX7 GHGGLNQLGGAFVNGRPLPEVVRQRIVDLAHQGVRPCDISRQLRVSHGCVSKILGRYYETGSIRPGVIGGSKPK-VATPKVVEKIGDYKRQNPTMFAWEIRDRLLAEGVCDNDTVP--SVSSINRIIRTK PAX8 AFGEVNQLGGVFVNGRPLPNAIRLRIVELAQLGIRPCDISRQLRVSHGCVSKILARYNETGSILPGAIGGSKPR-VTTPTVVKHIRTYKQRDPGIFAWEIRDRLLADGVCDKYNVP--SVSSISRILRNK PAX9